Bagaimana varian Covid lolos dari respons imun seluler
Respons sel T pada manusia secara genetik dikodekan oleh molekul HLA—artinya bahwa individu yang berbeda memiliki HLA yang berbeda, diprogram untuk mengenali patogen yang menyerang berdasarkan fragmen yang berbeda, atau “epitop” patogen.
Sementara evaluasi eksperimental dari respon imun dari setiap alel HLA manusia untuk setiap varian virus tidak mungkin, tim dari Institut Kesehatan Carlos III, Spanyol, telah menggunakan metode komputasi.
Para peneliti pertama kali mengidentifikasi set lengkap epitop dari strain referensi asli SARS-CoV-2 dari Wuhan, Cina.
Tim menemukan 1.222 epitop SARS-CoV-2 yang telah dikaitkan dengan subtipe HLA utama, yang mencakup sekitar 90 persen populasi. Setidaknya sembilan dari 10 orang dapat memicu respons sel T terhadap Covid-19 berdasarkan 1.222 epitop.
Selanjutnya, para peneliti menganalisis secara komputasi apakah salah satu dari 118.000 isolat SARS-CoV-2 yang berbeda dari seluruh dunia, yang dijelaskan dalam dataset Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI), memiliki mutasi pada epitop ini.
Mereka menunjukkan bahwa sekitar 47 persen epitop bermutasi dalam setidaknya satu isolat yang masih ada.
Dalam beberapa kasus, isolat yang ada memiliki mutasi di beberapa daerah epitop, tetapi mutasi kumulatif tidak pernah mempengaruhi lebih dari 15 persen epitop untuk semua jenis alel HLA tertentu.
Ketika tim menganalisis alel sensitif dan asal geografis isolat pelarian masing-masing, tim menemukan bahwa mereka hidup berdampingan di beberapa wilayah geografis – termasuk Afrika sub-Sahara dan Asia timur dan tenggara – menunjukkan potensi tekanan genetik pada sitotoksik. Respon sel T di daerah ini.
“Akumulasi perubahan pada isolat independen ini masih terlalu rendah untuk mengancam populasi global,” kata Antonio Martin Galeano dari institut tersebut, dalam penelitian yang diterbitkan dalam jurnal PLOS Computational Biology.
“Protokol kami telah mengidentifikasi mutasi yang mungkin relevan dengan populasi tertentu dan memerlukan pemantauan yang lebih dalam.”
Namun, Martin Galliano mencatat bahwa “mutasi SARS-CoV-2 yang tidak teramati” di masa depan dapat mengancam respons T sitotoksik pada subpopulasi manusia.